上清派以元始天王和上清派太上大道为最高神灵。上清派最具特点的修炼方法是存思。认为通过存思，天地之神可以进入人体，人体之神与天地之神囗混融，即可长生不老，飞登上清。上清派的存思、服气、咽津、念咒、佩符等修持方法，对道教斋醮仪式影响甚大。陆修静《三洞经书目录》著录上清经186卷，有127卷流播于世，其代表性经典是《上清大洞真经》和《黄庭经》。上清派宗师出身江东士族，其造作和传播的上清经，使道教理论更趋成熟。上清派是东晋南北朝江东地区最有影响的道派。

上清派的重要经典《黄庭经》分内外两篇，全名《太上黄庭内景玉经》和《太上黄庭外景玉经》。《黄庭经》是茅山派的重要经典，也是后代全真道派的功课经。《黄庭经》是前代修炼养生经验的总结，又为后世的内修提供了基本理论和方法，被称为寿世长生之妙典。《黄庭经》的经文都是七言韵文，主张扶养性命守虚无，恬淡无为何思虑，追求恬淡无为的修炼方式而达到长寿的目的，修炼关键是男藏精，女藏胎，认为人以精为本，以气为根，使人完坚不丧，滋补元气，则老而可壮。它的修炼方法就是调息和存神，其调息法，就是太和阴阳气能通过运行，上达黄，庭至丹田，再返归黄，庭神守之。其存神方法，融合古道经和医经的五脏有神的说法，存思诸神，就可以通灵达神，洞观自然，养神炼气，乘云飞仙。

上清派的重要代表人物陶弘景（456－536）字通明，自号华阳隐居，谥贞白先生，丹阳秣陵（今江苏南京）人，出身于江东名门丹阳陶氏。永明10年（492），36岁时，辞去官职，脱朝服挂神武门，上表辞禄（《南史·陶弘景传》），退居句容之句曲山（茅山）修道。归隐以后，陶弘景仍知时运之变，俯察人心，悯涂炭之苦。陶弘景和他的弟子在茅山经营数十年，从而使茅山成为上清派的中心，故后世也称上清派为茅山宗。他编写的 《真诰》一书记录茅山道教的传授历史，人数在百人以上。

由于他的学识和造就，陶弘景得到朝野尊崇礼问。 他开创了融合道佛的先例，采取佛道双修的态度。由他编写的《真诰》以轮回转生和地狱的说法，代替了承负和东岳主人魂魄的传统说法。陶弘景晚年曾梦佛授其菩提记，自称胜力菩萨转世，亲自到宁波阿育王塔受戒。归茅山后，即建佛道两坛，隔日朝礼。临终时，遗言死后冠巾法服，佩符 左腋下，外面通以大袈裟覆衾蒙首足， 道人道士并在门中，道人左，道士右。他还编订了道教的神仙谱系。陶弘景编订的第一部道教神仙谱系称《真灵位业图》，包括天神，地祗、人鬼和诸多仙真，大约3000名，以7个等级排列，其中央的上下次序是：元始天尊，玉晨元皇大道，太极金阙帝君，太上老君（无上太道君），九宫尚书，定录真君中茅君，丰都北阴大帝。他对于养生学、医药学和炼丹术也有贡献，主要体现在他的《养性延命录》中，此书总结了北魏张湛对《养生集》、《摄生论》、《养生术》等著作编集整理的养生理论，保存从先秦到两晋的已佚著作达32种。其基本理论就是养神和炼形，神大用则竭，形大劳则毙，养神就是要游收虚静，息虑无为，清心寡欲。炼形就是饮食有节，起居有度。